Skutečným vlastníkem Agrofertu je podle státní Evidence skutečných majitelů poslanec a bývalý premiér Andrej Babiš (ANO), ačkoliv kvůli zákonu o střetu zájmů vložil v roce 2017 své akcie do svěřenských fondů. Sporné dotace od Podpůrného a garančního rolnického a lesnického fondu získaly firmy ZEMOS, AGS AGRO České Budějovice, ZS Vilémov a SPV Pelhřimov z Agrofertu v letech 2010 až 2013, ještě před Babišovým vstupem do vlády.

Fond loni při prověrce dospěl k závěru, že podporu na pojištění hospodářských plodin a zvířat dostaly tyto firmy neoprávněně, protože v době čerpání nesplňovaly status malých a středních firem. Zažádal proto o vrácení peněz.

Firmy Agrofertu dotace pět milionů korun vrátit odmítly, takže fond sáhl k žalobě. "Bylo přikročeno k soudnímu řešení," řekla serveru iRozhlas.cz mluvčí fondu Barbora Šenfeldová. Bližší informace nechtěla uvést.

Kvůli sporu o vrácení dotací Agrofert nemůže čerpat další podporu od fondu. Podle dotačních podmínek totiž nesmí mít žadatel o podporu nedoplatky vůči státu či dalším institucím, včetně Podpůrného a garančního rolnického a lesnického fondu. Fond je akciovou společností, jejímž jediným vlastníkem je ministerstvo zemědělství.